工具显微镜是作为高的金相显微镜在使用
电子显微镜发射源是电子束或离子束，普通光学显微镜使用的是光源发射出来的光或镭射。
普通光学显微镜使用的是特殊玻璃制的透镜，利用光学原理改变光的行进;而电子显微镜使用的是磁透镜，利用磁场改变电子束。
普通光学显微镜的Z大倍数一般在1000～2000倍，解析度一般在0.1um~0.25um左右;而电子显微镜的解析度一般都在0.01nm~0.4nm左右。
普通光学显微镜可在一般大气压下使用;而电子显微镜一般都需在样品室处于真空时使用。
普通光学显微镜受到光学的限制仅能用于观测鉴定被测物体;而扫描电子显微镜可配合其他仪器，如能谱、波谱等仪器使仪器等等讲起应用到很多领域。
总结如下：发射源不同;透镜不同;放大倍数和解析度不同;使用环境不同;应用的领域不同。
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